温室、大棚等栽培条件下的土壤缺少雨水淋洗，且温度、湿度、通气状况和水肥管理等均与露地栽培有较大差别，加之设施栽培又长期处于高集约化、高复种指数、高肥料施用量的生产状态下，其特殊的生态环境与不合理的水肥管理措施导致了土壤次生盐渍化、土壤酸化、设施土壤板结等诸多生产问题的产生。
常见土壤问题
1、土壤氮磷钾元素营养比例失调
中、微量元素严重缺乏在日常管理中绝大多数农民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致钾素匮乏，长期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素之间的营养比例失调。
2、农田土壤污染
过量使用化肥、农药、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染，以及连作和病虫害病原物污染。这些污染物长期进入或残留土壤之中，一旦超出土壤自净化能力后就会“溢出”，直接造成农田土壤的污染。大量的污染物进入土壤后，首先会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降、土壤功能变差，严重污染者会使土壤丧失生产能力，失去农业利用价值。
3、土壤趋于酸化
土壤酸化主要是由于过量使用化学氮肥和生理酸性肥料，导致土壤中酸性物质增加，使土壤酸化。土壤酸化会引起土壤养分流失，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，加速土壤贫瘠化和土传病害发生。
4、土壤次生盐碱化
由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成生理干旱，营养吸收障碍，土壤结构破坏，再甚者可导致盐害、死亡，***失去农业利用价值。
5、农作物连作造成的“土壤病”
在土壤中连续种植一种或同科作物，由于该作物所需要的中微量营养元素因连续被吸收而缺乏，也使相应的某些病菌得以连年繁殖，在土壤中大量积累，还有前茬作物根系的分泌物因累积成为有毒物质而形成病土。
6、耕作层变浅
农田由于长期的机械耕作碾压和人工作业，使大部分农田土壤耕层变浅，有效活土层在15公分左右，加之降雨、灌水沉实，“犁底层”上移加厚，形成了坚硬深厚的阻隔层，阻碍了土壤水分、养分和空气的上下运行，阻碍了作物根系下扎延伸，土壤蓄水能力越来越少，抗旱性能不断下降。
7、土壤有机质含量降低
农田长期不施用农家肥，秸秆还田很少进行，中国传统农业精髓的种植绿肥也不搞了，土壤有机质长期得不到补充。再加上化学氮肥超量施用，加剧了土壤碳的耗竭。致土壤有机质含量严重不足。土壤有机质减少会引发一系列土壤问题，土壤酸化和次生盐碱化，土壤结构破坏，土壤肥力低下，土传病害加剧等。
8、土壤结构破坏、板结严重
由于土壤缺乏有机肥补充，以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加剧了土壤团粒结构的破坏，致使土壤板结越来越严重，直接影响到土壤的自然活力和自我调节能力。
9、设施农业土壤综合障碍病
设施栽培是在全年封闭或季节封闭环境下，由于高度集约化、高复种指数、高肥料投入、高农药用量、高强度高频度人为干扰，过量施肥，土壤长期处于高温高湿状态，过量灌水，过度耕作与践踏，在如此强烈的干扰和巨大压力下，土壤健康急剧恶化。一般种植2-3年，就出现了土壤营养失衡、土壤酸化、土壤次生盐碱化、土壤有害物质积累、土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病害。
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